承久の乱は、日本史において決定的な意味を持っています。上皇すら罪に問い、武士が朝廷をも凌駕する力を得たことなります。
北条義時・泰時は、後鳥羽上皇の影響力を排除するため、後継天皇として、後鳥羽上皇の兄の守貞親王の子孫（後堀川、四条天皇）や親幕府派だった土御門天皇の子（後嵯峨天皇）を即位させています。また、経済的利益も大きく、朝廷側についた武士の膨大な荘園を幕府が没収し、幕府方の武士に恩賞として分配したため、鎌倉幕府は、東国だけでなく全国政権へ踏み出しました。
（「北条氏の時代」本郷和人著参照）

戦いには勝ったったものの、実質的な武家政権の支配を実現した北条にとって、敵対した朝廷の後鳥羽上皇の怨霊を恐れていました。実際、様々な怪異が生じたといわれます。
後鳥羽上皇が亡くなる1239年前後は、寒冷気候による大凶作（寛喜の飢饉1231年以降）が続き、1239年には、鎌倉で水害による損失、京都で天変（流星空を舞う）、1240年鎌倉などで異変続き、災害異変でほぼ毎年のように改元（凶事の縁起直しに元号を改める）が行われています。

後鳥羽院の怨霊を鎮めるための神社

これらのことから幕府は後鳥羽帝の怨霊を恐れ御霊を鎮めるため1247年に当社を創建しました。
碑文（左記）には
「1239年に、鎌倉の街中の方々で喧嘩(けんか)や争いごとがあり、とくに5月25日には大騒動が起りました。この日には、隠岐(おき)の島に流されていた天皇の後鳥羽院(ごとばいん)が亡くなったので、これはその恨(うら)みが原因だろうということで、 1247年4月に後鳥羽院の霊(れい)と、さらに順徳院霊もあわせて祭りました。（概略）」と書かれています。
北条氏は無念のうちに亡くなった後鳥羽上皇の怨霊に悩まされ、御霊を鎮めようとした逸話が残るのがこの神社です。
（参照資料：「北条氏の時代」本郷和人著、鎌倉の寺社１２２を歩く（ＰＨＰ新書）、Web「鎌倉のとっておき、鎌倉と怨霊」、防災情報新聞：日本の災害防災年表等）