しかし、護良親王は、その後、「新政」に不満な武士層の信望を集め力をつけてきた足利尊氏と対立したため、拘禁され、鎌倉の足利直義（ただよし）（尊氏の弟）に送られ、東光寺（現在の鎌倉宮）へ幽閉されてしまいます。
本殿裏手に護良親王が幽閉されたと伝わる土牢があります。
1335年中先代の乱で、鎌倉幕府滅亡時の執権北条高時の遺児、時行が挙兵して鎌倉に攻め込むと、逃げる足利直義側の武将に護良親王は殺されます。
北条時行が、護良親王を鎌倉将軍として担ぐことを恐れたからです。

北条時行は南朝と共に尊氏に敵対
後醍醐天皇の皇子には下記の八皇子がいて、中先代の乱で敗れた北条時行は、その後も南朝に加わり宗良親王（むねよし）や義良親王（のりよし：後村上天皇）と共に尊氏と戦っています。北条を滅ぼした後醍醐天皇の南朝と手を組んでも、北条を裏切った尊氏への怨念が続いていたものと思われます。

参照資料：「鎌倉の寺社122を歩く」（山折哲雄）、北条時行とはなにものか」（刻流文庫）、ウィキペディア他）